La fondazione del Seminario di Catania risale all'episcopato di mons. Antonio Faraone, precisamente la data dell'atto di fondazione risale al 18 aprile 1572, anche se il vescovo non poté completare l'opera in quanto morì il 29 luglio 1572.

Tuttavia l'anno seguente il vicario episcopale comprò la prima casa dove vennero ospitati i primi alunni, sita vicino alla Cattedrale, che crollò nel terribile terremoto del 1693.  Prima della costituzione dei seminari, la formazione dei chierici avveniva nelle Chiese parrocchiali, dove i futuri chierici venivano formati da un sacerdote dotto e pio. Tuttavia il clero era poco formato, incapace di predicare al popolo, aveva una scarsa conoscenza della lingua latina, conosceva a memoria le formule per la celebrazione della Santa Messa. Nell'atto di riforma, il Concilio di Trento pose termine a questa ignoranza del clero, decretando la costituzione di collegi-seminari in tutte le Chiese particolari, anche se di fatto la fondazione dei seminari e il buon funzionamento si avrà solo nei secoli successivi. Il 15 luglio 1563, alla sessione XXIII del Concilio di Trento venne emanato il decreto Cum adolescentium aetas, che stabilì la nascita dei seminari. In essa si stabiliscono le linee guida da seguire riguardo l’istruzione, lo studio, la disciplina, la preghiera e la liturgia. Gli alunni che abitavano il seminario catanese, al momento della sua nascita, erano un numero esiguo, in quanto la stessa struttura non aveva rendite alte e gli alunni non potevano permettersi il pagamento di vitto ed alloggio, pertanto continuavano la formazione nelle canoniche o frequentavano solo di giorno il seminario; infatti, durante gli episcopati di Marco A. Gussio e Michelangelo Bonadies, l'incidenza del seminario fu insignificante: nel 1655 vivevano in seminario solo 10 seminaristi. Sappiamo anche che la vita del seminarista nel 1734 era ben strutturata: vi sono regole per la vita spirituale e temporale, momento dello studio presso i gesuiti dove impartivano lezioni di grammatica, retorica, filosofia, teologia speculativa e morale. Un’ opera di grande riforma presso il seminario catanese fu attuata dal vescovo Salvatore Ventimiglia, infatti egli lamentava il fatto che nel clero fossero state accolte persone ignoranti, dissolute e prive della stessa vocazione. Così invitò docenti da Palermo e di altre città della penisola istituendo nuove cattedre: teologia dogmatica e morale, filosofia, geometria, sacra eloquenza, lettere latine e greche. I docenti fecero del seminario un'istituzione culturale tanto che la stessa struttura possedeva una propria tipografia che poteva gareggiare con l'Università.

Furono anni di grande splendore del seminario catanese. Era ancora uso che alcuni seminaristi vivessero a casa per motivi vari (anche economici). Questi venivano chiamati foristi, seguivano le lezioni, la S. Messa, gli esercizi di pietà durante il giorno e la sera facevano rientro nelle proprie case. Questa prassi fu in uso fino ai primi decenni del '900. Il seminario affrontò varie vicissitudini, più volte è stato chiuso, ma riaperto negli anni successivi. Tra le tante calamità naturali ricordiamo il terremoto del 1693 che distrusse il seminario, costruito nel 1610 accanto al vecchio sito della chiesa di S. Martino dei Bianchi. L'incameramento dei beni ecclesiasti del 1847 ad opera dei Borbone ha sottratto parte dell'antico Palazzo dei Chierici, costruito nei primi del '700 dal vescovo Andrea Riggio sulle mura della città, per farne una caserma militare.

I seminaristi ormai da tempo numerosi, furono accomodati nella parte nord del restante Seminario. A partire dal 1943 a causa del II conflitto mondiale i seminaristi lasciarono il Seminario vicino alla Cattedrale (verrà distrutto dai bombardamenti), per stabilirsi presso il Seminario estivo di San Giovanni la Punta, fatto costruire dal vescovo rettore Antonino Caft, inaugurato nel 1881 ed ampliato negli anni 1932-33, fino alla costruzione dell'attuale Seminario inaugurato il 15 agosto del 1951.